A terra: quasi la metà della superficie dell'isola, compresi gli scogli e isolotti. Le Formiche della Zanca, l'Ogliera, lo Scoglio della Triglia, l'Isola Corbella, le Isole Gemini, l'Isolotto d'Ortano, l'Isola dei Topi e lo Scoglietto di Portoferraio.

Sono tutelati anche i territori degli isolotti di Palmaiola e Cerboli nel canale di Piombino.

A mare: il Decreto Ministeriale del 10 agosto 1971 ha istituito una zona di tutela biologica nel tratto di mare del territorio del comune di Portoferraio, in località le Ghiaie, compresa tra Punta Falcone e Capo Bianco, dove si trova Lo Scoglietto. In tale tratto di mare è proibita qualsiasi attività di pesca, sia professionale che sportiva, eccetto la pesca con lenze da terra e con totanaie.