La bandiera dell'Elba è bianca, con striscia rossa trasversale con sopra tre api d'oro.

La bandiera, fatta preparare da Napoleone al suo arrivo sull'isola, quando ancora era a bordo della fregata inglese Undaunted, fu issata a Portoferraio sul Forte Stella il 4 maggio 1814, proprio il giorno dello sbarco dell'Imperatore, che poi passò sull’isola dieci mesi in seguito al suo primo esilio.

Alla simbologia delle api sono stati dati vari significati nel tempo, da simbolo di operosità a simbolo regale creato appositamente per l'Isola d'Elba. In realtà la simbologia delle tre api sotto l’impero di Napoleone aveva un significato ben preciso, come ha illustrato, attraverso alcune ricerche Gloria Peria, direttore degli Archivi storici dei Comuni dell’Isola d’Elba.

L’ape era cara a Napoleone perché si ipotizza che l’avesse scelta come simbolo per creare una forma di legame con la dinastia dei Merovingi. Infatti proprio nella tomba del re Childerico fu trovata un’ape d’oro. Ma anche nella civiltà dell’antico Egitto l’ape aveva un posto di rilievo nella simbologia del potere, fra cui quello dell’obbedienza e della fedeltà.

Napoleone aveva attribuito le tre api d’oro a quelle città particolarmente devote all’Imperatore, dette appunto Bonnes Villes, città che in genere superavano i 13.000 abitanti e l’isola d’Elba complessivamente nel 1814 aveva circa quella popolazione.

L’aver assegnato le tre api anche all’Isola d’Elba significava dare all’isola un senso di unità sotto il suo regno, anche se amministrativamente fu poi organizzata con più municipi (Napoleone alcuni mesi dopo il suo arrivo sull’isola divise il territorio in 10 municipalità).

La bandiera elbana napoleonica ebbe un gran successo tanto che, come scrive Pons de l’Herault in "Souvenirs et anecdotes de l’Ile d’Elbe", veniva salutata anche dai pirati barbareschi, che di passaggio nel mar Tirreno in essa vedevano il simbolo del loro eroe guerriero, Napoleone in persona.